In Brentano la distinzione tra fenomeni fisici e fenomeni psichici e il carattere intenzionale dei fenomeni psichici svolge un ruolo fondamentale. Questa posizione è espressa inizialmente (1874) in maniera molto concisa; e per chiarirla è necessario far ricorso ai suoi manoscritti inediti. Qui, in particolare, vengono analizzati, oltre ai testi a stampa, anche un corso del periodo di Würzburg (1868, Manuskript 96), e la prima parte delle sue lezioni di metafisica. Il risultato più importante che così si viene a conseguire è la messa in chiaro del progetto di una apologia delle scienze naturali, in cui la genesi psicologica della concezione intuizionistica di spazio, di infinito, viene spiegata; e si tratta di analisi che troveranno ulteriore sedimentazione nei manoscritti e nei dettati dei suoi ultimi anni di vita.Tutto questo dimostra che vi è una profonda continuità tra il primo e il secondo Brentano.
