Promoting transparency and reproducibility in enhanced molecular simulations

Bonomi M.; Bussi G.; Camilloni C.; Tribello G. A.; Banas P.; Barducci A.; Bernetti, Mattia; Bolhuis P. G.; Bottaro S.; Branduardi D.; Capelli R.; Carloni P.; Ceriotti M.; Cesari A.; Chen H.; Chen W.; Colizzi F.; De S.; De La Pierre M.; Donadio D.; Drobot V.; Ensing B.; Ferguson A. L.; Filizola M.; Fraser J. S.; Fu H.; Gasparotto P.; Gervasio F. L.; Giberti F.; Gil-Ley A.; Giorgino T.; Heller G. T.; Hocky G. M.; Iannuzzi M.; Invernizzi M.; Jelfs K. E.; Jussupow A.; Kirilin E.; Laio A.; Limongelli V.; Lindorff-Larsen K.; Lohr T.; Marinelli F.; Martin-Samos L.; Masetti M.; Meyer R.; Michaelides A.; Molteni C.; Morishita T.; Nava M.; Paissoni C.; Papaleo E.; Parrinello M.; Pfaendtner J.; Piaggi P.; Piccini G. M.; Pietropaolo A.; Pietrucci F.; Pipolo S.; Provasi D.; Quigley D.; Raiteri P.; Raniolo S.; Rydzewski J.; Salvalaglio M.; Sosso G. C.; Spiwok V.; Sponer J.; Swenson D. W. H.; Tiwary P.; Valsson O.; Vendruscolo M.; Voth G. A.; White A.

Promoting transparency and reproducibility in enhanced molecular simulations

Bonomi M.

•

Bussi G.

•

Camilloni C.

altro

White A.

2019

journal article

Periodico

NATURE METHODS

Abstract

The PLUMED consortium unifies developers and contributors to PLUMED, an open-source library for enhanced-sampling, free-energy calculations and the analysis of molecular dynamics simulations. Here, we outline our efforts to promote transparency and reproducibility by disseminating protocols for enhanced-sampling molecular simulations.